Короткий ответ: да. Более того, для Google Ads имеет смысл проставлять UTM-метки даже при автопометке, чтобы смотреть данные в других системах аналитики (например, Яндекс.Метрика, системы колл-трекинга и т.п.).

Однако есть несколько причин, по которым при использовании автопометки данные в GA могут быть некорректны.

Обычно это означает, что включена автопометка в Google Ads и включен учет автопометки в Analytics, но нет связи между аккаунтами Google Ads и Analytics.

Есть три решения проблемы.

1. Связать Google Ads и Analytics. В таком случае в Analytics будут данные о кампаниях из Ads. Самый хороший вариант.
2. Отключить автопометку в Google Ads. Для этого в настройках аккаунта снимается галочка "Автоматическая пометка тегами". В Analytics будут данные из utm-меток. Самый хороший вариант, если нет возможности связать аккаунты.
3. Отключить учет автопометки в Analytics. Для этого в расширенных настройках ресурса устанавливается галочка "Разрешить пометку вручную (значения UTM), замещающую автоматическую пометку (значения GCLID)". В Analytics будут данные из utm-меток. Так стоит делать, если нет доступа в Ads. Если в ресурс Analytics попадают данные из нескольких аккаунтов Google Ads, то для всех из них будут показываться только utm даже при наличии связи.

Если автопометка и связь аккаунтов работает, то в настройках профиля веб-аналитки в Marilyn необходимо отметить чекбокс «Включена автопометка». Иначе говоря, галку стоит включать, если в GA видна информация по кампаниям из Ads. Если в GA отображается информация по utm-меткам, то галку включать не стоит.