Короткий ответ: да. Более того, для Google Ads имеет смысл проставлять UTM-метки даже при автопометке, чтобы смотреть данные в других системах аналитики (например, Яндекс.Метрика, системы колл-трекинга и т.п.).
Однако есть несколько причин, по которым при использовании автопометки данные в GA могут быть некорректны.
Обычно это означает, что включена автопометка в Google Ads и включен учет автопометки в Analytics, но нет связи между аккаунтами Google Ads и Analytics.
Есть три решения проблемы.
Если автопометка и связь аккаунтов работает, то в настройках профиля веб-аналитки в Marilyn необходимо отметить чекбокс «Включена автопометка». Иначе говоря, галку стоит включать, если в GA видна информация по кампаниям из Ads. Если в GA отображается информация по utm-меткам, то галку включать не стоит.